NR1D2

Наявні структури

Пошук ортологів: PDBe RCSB

Список кодів PDB
4N73, 2V0V, 2V7C, 3CQV

Ідентифікатори

Символи

NR1D2, BD73, EAR-1R, RVR, nuclear receptor subfamily 1 group D member 2, REVERBB, REVERBbeta

Зовнішні ІД

OMIM: 602304 MGI: 2449205 HomoloGene: 3763 GeneCards: NR1D2

Реагує на сполуку

SR-9009, SR-9011^[1]

Онтологія гена
Молекулярна функція	• DNA binding • sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • zinc ion binding • зв'язування з іоном металу • steroid hormone receptor activity • GO:0038050, GO:0004886, GO:0038051 nuclear receptor activity • core promoter sequence-specific DNA binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001078, GO:0001214, GO:0001206 DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001158 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0000975 transcription cis-regulatory region binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • transcription factor binding • nuclear receptor coactivator activity • signaling receptor activity
Клітинна компонента	• клітинне ядро • нуклеоплазма • RNA polymerase II transcription regulator complex • цитоплазма
Біологічний процес	• GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • regulation of skeletal muscle cell differentiation • ритмічний процес • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • regulation of lipid metabolic process • regulation of circadian rhythm • regulation of inflammatory response • lipid homeostasis • transcription initiation from RNA polymerase II promoter • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • steroid hormone mediated signaling pathway • intracellular receptor signaling pathway • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • energy homeostasis • multicellular organism development • hormone-mediated signaling pathway • диференціація клітин • response to lipid • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • circadian behavior • negative regulation of inflammatory response
Джерела:Amigo / QuickGO

Шаблон експресії

Більше даних

Ортологи

Види

Людина

Миша

Entrez


9975


353187

Ensembl


ENSG00000174738


ENSMUSG00000021775

UniProt


Q14995 Q6NSM0


Q60674

RefSeq (мРНК)


NM_001145425 NM_005126


NM_011584

RefSeq (білок)


NP_001138897 NP_005117


NP_035714

Локус (UCSC)

Хр. 3: 23.95 – 23.98 Mb

Хр. 14: 18.2 – 18.24 Mb

PubMed search

^[2]

^[3]

Вікідані

Див./Ред. для людей

Див./Ред. для мишей

NR1D2 (англ. Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 3-ї хромосоми. ^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 579 амінокислот, а молекулярна маса — 64 625^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MEVNAGGVIA	YISSSSSASS	PASCHSEGSE	NSFQSSSSSV	PSSPNSSNSD
TNGNPKNGDL	ANIEGILKND	RIDCSMKTSK	SSAPGMTKSH	SGVTKFSGMV
LLCKVCGDVA	SGFHYGVHAC	EGCKGFFRRS	IQQNIQYKKC	LKNENCSIMR
MNRNRCQQCR	FKKCLSVGMS	RDAVRFGRIP	KREKQRMLIE	MQSAMKTMMN
SQFSGHLQND	TLVEHHEQTA	LPAQEQLRPK	PQLEQENIKS	SSPPSSDFAK
EEVIGMVTRA	HKDTFMYNQE	QQENSAESMQ	PQRGERIPKN	MEQYNLNHDH
CGNGLSSHFP	CSESQQHLNG	QFKGRNIMHY	PNGHAICIAN	GHCMNFSNAY
TQRVCDRVPI	DGFSQNENKN	SYLCNTGGRM	HLVCPLSKSP	YVDPHKSGHE
IWEEFSMSFT	PAVKEVVEFA	KRIPGFRDLS	QHDQVNLLKA	GTFEVLMVRF
ASLFDAKERT	VTFLSGKKYS	VDDLHSMGAG	DLLNSMFEFS	EKLNALQLSD
EEMSLFTAVV	LVSADRSGIE	NVNSVEALQE	TLIRALRTLI	MKNHPNEASI
FTKLLLKLPD	LRSLNNMHSE	ELLAFKVHP

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до репресорів, рецепторів, активаторів, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція, регуляція транскрипції, біологічні ритми, поліморфізм, ацетиляція. Білок має сайт для зв'язування з іонами металів, іоном цинку, іоном заліза, ДНК, гемом. Локалізований у ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Gupta N., Ragsdale S.W. (2011). Thiol-disulfide redox dependence of heme binding and heme ligand switching in nuclear hormone receptor rev-erb{beta}. J. Biol. Chem. 286: 4392—4403. PMID 21123168 DOI:10.1074/jbc.M110.193466
Stratmann M., Schibler U. (2012). REV-ERBs: more than the sum of the individual parts. Cell Metab. 15: 791—793. PMID 22682217 DOI:10.1016/j.cmet.2012.05.006
Ripperger J.A., Albrecht U. (2012). REV-ERB-erating nuclear receptor functions in circadian metabolism and physiology. Cell Res. 22: 1319—1321. PMID 22613952 DOI:10.1038/cr.2012.81

Примітки

↑ Сполуки, які фізично взаємодіють з Nuclear receptor subfamily 1 group D member 2 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:7963 (англ.) . Процитовано 30 серпня 2017.
↑ UniProt, Q14995 (англ.) . Архів оригіналу за 8 серпня 2017. Процитовано 30 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 3

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

Фактори транскрипції та внутрішньоклітинні рецептори

(1) Основні домени

(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)	Фактори актривації транскрипції AATF 1 2 3 4 5 6 7 AP-1 c-Fos FOSB FOSL1 FOSL2 JDP2 c-Jun JUNB JUND BACH 1 2 BATF BLZF1 C/EBP α β γ δ ε ζ CREB 1 3 L1 CREM DBP DDIT3 GABPA GCN4 HLF MAF B F G K NFE 2 L1 L2 L3 NFIL3 NRL NRF 1 2 3 XBP1

(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)	ATOH1 AHR AHRR ARNT ASCL1 BHLH 2 3 9 ARNTL ARNTL ARNTL2 CLOCK EPAS1 FIGLA HAND 1 2 HES 5 6 HEY 1 2 L HES1 HIF 1A 3A ID 1 2 3 4 LYL1 MESP2 MXD4 MYCL MYCN Міогенні фактори MyoD MYOG MYF5 MYF6 Нейрогеніни 1 2 3 НейроD 1 2 NPAS 1 2 3 OLIG 1 2 SIM 1 2 TAL 1 2 TWIST1 USF1

(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)	AP-4 MAX MXD1 MXD3 MITF MNT MLX MLXIPL MXI1 Myc SREBP 1 2

(1.4) NF-1	NFI A B C X SMAD R-SMAD 1 2 3 5 9 I-SMAD 6 7 4)

(1.5) RF-X	RFX 1 2 3 4 5 6 ANK

(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)	AP-2 α β γ δ ε

(2) Цинк-координовані домени ДНК

(2.1)Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys₄)

підродина 1	Тиреоїдний гормон α β CAR FXR LXR α β PPAR α β/δ γ PXR RAR α β γ ROR α β γ Rev-ErbA α β VDR

підродина 2	COUP-TF I II Ear-2 HNF4 α γ PNR RXR α β γ Тестикулярні рецептори 2 4 TLX

підродина 3	Стероїдні гормони Андроген Естроген α β Глюкокортикоїди Мінералокортикоїди Прогестерон Естроген-зв'язувальні α β γ

підродина 4	NUR NGFIB NOR1 NURR1

підродина 5	LRH-1 SF1

підродина 6	GCNF

підродина 0	DAX1 SHP

(2.2) Інші цинкові пальці Cys₄

GATA
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
MTA
- 1
- 2
- 3
TRPS1

(2.3) Cys₂His₂ з доменом цинкових пальців

Загальні фактори транскрипції
- TFIIA
  - 1
  - 2
- TFIIB
- TFIID
  - TBP
    - L1
    - L2
  - TAF
    - 1
    - 2
    - 3
    - 4
    - 4B
    - 5
    - 6
    - 7
    - 8
    - 9
    - 9B
    - 10
    - 11
    - 12
    - 13
    - 15
- TFIIE
  - 1
  - 2
- TFIIF
  - 1
  - 2
- TFIIH
  - 1
  - 2
  - 4
  - 2I
  - 3A
  - 3C1
  - 3C2

ATBF1
BCL
- 1
- 2
- 3
- 5
- 6
- 6B
- 7A
- 7B
- 7C
- 8
- 9
- 10
- 11A
- 11B
CTCF
E4F1
EGR
- 1
- 2
- 3
- 4
ERV3
GFI1
GLI
- 1
- 2
- 3
- REST
- S1
- S2
- YY1
HIC
- 1
- 2
HIVEP
- 1
- 2
- 3
IKZF
- 1
- 2
- 3
ILF
- 2
- 3
KLF
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
- 6
- 7
- 8
- 9
- 10
- 11
- 12
- 13
- 14
- 15
- 17
MTF1
MYT1
OSR1
PRDM9
SALL
- 1
- 2
- 3
- 4
SP
- 1
- 2
- 4
- 7
- 8
TSHZ3
WT1
Zbtb7
- 7A
- 7B
ZBTB
- 11
- 16
- 17
- 20
- 32
- 33
- 40
цинкові пальці
- 3
- 7
- 9
- 10
- 19
- 22
- 24
- 33B
- 34
- 35
- 41
- 43
- 44
- 51
- 74
- 143
- 146
- 148
- 165
- 202
- 217
- 219
- 238
- 239
- 259
- 267
- 268
- 281
- 295
- 300
- 318
- 330
- 346
- 350
- 365
- 366
- 384
- 423
- 451
- 452
- 471
- 593
- 638
- 644
- 649
- 655

(2.4) Cys₆ цистеїн-цинковий кластер

HIVEP1

(2.5) Цинкові пальці іншого складу

AIRE
DIDO1
GRLF1
ING
- 1
- 2
- 3
- 4
- 5
JARID
- 1A
- 1B
- 1C
- 1D
- 2
JMJD1B

(2.6) WRKY

WRKY

(3) Домени спіраль-поворот-спіраль

(3.1) Гомеобокс	ARX CDX 1 2 CRX CUTL1 DBX 1 2 DLX 1 2 3 4 5 6 EMX 1 2 EN 1 2 FHL 1 2 3 HESX1 HHEX HLX Гомеобокс A1 A2 A3 A4 A5 A7 A9 A10 A11 A13 B1 B2 B3 B4 B5 B6 B7 B8 B9 B13 C4 C5 C6 C8 C9 C10 C11 C12 C13 D1 D3 D4 D8 D9 D10 D11 D12 D13 HOPX IRX 1 2 3 4 5 6 MKX LMX 1A 1B MEIS 1 2 MEOX2 MNX1 MSX 1 2 NANOG NKX 2-1 2-2 2-3 2-5 3-1 3-2 6-1 6-2 NOBOX PBX 1 2 3 PHF 1 3 6 8 10 16 17 20 21A PHOX 2A 2B PITX 1 2 3 POU PIT-1 BRN-3 A B C Oct 1 2 3/4 6 7 11 OTX 1 2 PDX1 SATB2 SHOX2 SIX 1 2 3 4 5 VAX1 ZEB 1 2

(3.2) Парний бокс	PAX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 PRRX 1 2 RAX

(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль	E2F 1 2 3 4 5 FOX A1 A2 A3 C1 C2 D3 D4 E1 E3 F1 G1 H1 I1 J1 J2 K1 K2 L2 M1 N1 N3 O1 O3 O4 P1 P2 P3 P4

(3.4) Фактори теплового шоку	HSF 1 2 4

(3.5) Триптофановий кластер	ELF 2 4 5 EHF ELK 1 3 4 ERF ETS 1 2 ERG SPIB ETV 1 2 3 4 5 6 FLI1 IRF 1 2 3 4 5 6 7 8 MYB MYBL2

(3.6) Домен транскрипційний енхансер	TEA 1 2 3 4

(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом

(4.1) RHR	NF-κB NFKB1 NFKB2 REL RELA RELB NFAT C1 C2 C3 C4 5

(4.2) STAT	STAT^[en] 1 2 3 4 5 A B 6

(4.3) p53	p53 TBX 1 2 3 5 19 21 22 TBR1 TBR2 TFT MYRF TP63

(4.4) MADS	Mef2 A B C D SRF

(4.6) TATA	TBP TBPL1

(4.7) Високомобільна група	BBX HMGB 1 2 3 4 HMGN 1 2 3 4 HNF 1A 1B LEF1 SOX 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 17 18 21 30 SRY SSRP1 TCF 3 4 TOX 1 2 3 4

(4.9) Grainyhead	TFCP2

(4.10) Домен холодового шоку	CSDA YBX1

(4.11) Runt	CBF CBFA2T2 CBFA2T3 RUNX1 RUNX2 RUNX3 RUNX1T1

(0) Інші фактори транскрипції

(0.2) HMGI(Y)	HMGA 1 2 HBP1

(0.3) Pocket домен	Rb RBL1 RBL2

(0.5) AP2/EREBP-подібні	AP2 EREBP B3

(0.6) Інші	ARID 1A 1B 2 3A 3B 4A CAP IFI 16 35 MLL 2 3 T1 MNDA NFY A B C Ро/Сигма